Датой возникновения Шебекино принято считать 1713 год, когда оно впервые было обозначено на российских картах. В 1928 году в составе Центрально-Черноземной области (ЦЧО) был создан Шебекинский район с центром в поселке Шебекино. C 1934 года район вошел в Курскую область, с 1954 года - в Белгородской области. Шебекино получило статус города областного подчинения. Согласно областному закону в 2004 году МО "Шебекинский район и г.Шебекино" получило статус муниципального района и в его составе образованы городские и сельские поселения. В апреле 2018 года Шебекинский район и город Шебекино преобразованы в муниципальное образование Шебекинский городской округ. При этом как административно-территориальные единицы сохранены и Шебекинский район и город областного подчинения Шебекино. В 2024 году городской округ преобразован в Шебекинский муниципальный округ.

Флаг Шебекино и Шебекинского района утвержден решением Совета депутатов Шебекинского района и города Шебекино № 1 от 10 июня 2003 года:

"Флаг представляет собой прямоугольное красное полотнище, в крыже которого (верхней четверти у древка) помещены фигуры герба Шебекинского района и города Шебекино: желтая бревенчатая башня с закрытыми воротами и прапором, сопровождаемая по сторонам двумя белыми подковами. На оборотной стороне полотнища помещено аналогичное зеркальное изображение. Соотношение сторон полотнища - 2:3".

Композиция флага основана на гербе города. Авторы герба: Пальваль В.М., Пальваль С.В., Шаповалов В.А. Золотая башня символизирует ратные подвиги русских воинов по защите южных рубежей Русского государства со времен сторожевой и оборонительной службы на Нежегольском участке Белгородской черты в XVII веке до сражений на землях современного Шебекинского района в период Великой Отечественной войны. Две серебрянные подковы символизируют развитые в последние века на территории района земледелие и промышленность.

Использованы материалы сайта cтудии "Лобачев" ГЕРБ.БЕЛ.РУ "Гербы и символы Белгородской области" c любезного разрешения автора

Герб муниципального района был уточнён решением Муниципального совета муниципального района "Шебекинский район и город Шебекино" от 25 января 2013 года № 05. Предположительно именно этим решением подковы на гербе и флаге перевернуты ветвями вверх.

Символы района в 2018 года перешли к Шебекинскому городскому округу.

После преобразования городского округа в Шебекинский муниципальный округ (2024) символика муниципального образования не поменялась. Это подтверждено Решением Совета депутатов Шебекинского муниципального округа Белгородской области от 26 сентября 2024 г. № 49 "Об использовании флага муниципального района "Шебекинский район и город Шебекино" Белгородской области в качестве официального символа Шебекинского муниципального округа Белгородской области".

---