В состав Шебалинского района входят сельские поселения: Актельское, Барагашское, Беш-Озерское, Верх-Апшуяхтинское, Дъектиекское, Ильинское, Камлакское, Каспинское, Мало-Чергинское, Улус-Чергинское, Чергинское, Шебалинское, Шаргайтинское.

Флаг Шебалинского района утвержден решением Совета депутатов МО «Шебалинский район» № 14-7 от 25 декабря 2019 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12861. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Шебалинский район» с заменой геральдических золота, серебра, червлени и лазури соответственно жёлтым, белым, красным и синим цветами.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ". Текст документа прислан В. Пермяковым.