Осенью 2024 года "Северо-Курильский городской округ" Сахалинской области был преобразован в Северо-Курильский муниципальный округ.

Флаг Северо-Курильского района утверждён Решение районного Собрания муниципального образования "Северо-Курильский район" от 5 августа 2004 года № 12/45-2.

Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба: вдоль нижнего края полотнища белые волны, посередине - выходящая из волн серая скала, на которой - жёлтый калан; вдоль верхнего края полотнища три жёлтые раковины, причем боковые раковины смещены к центру.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 1794.