Флаг Северо-Байкальского района утвержден Решением Совета депутатов МО "Северо-Байкальский район" от 25 июля 2018 года № 530-V. Согласно тексту Положения о флаге района:

"3.1. Описание флага Северо-Байкальского района:
прямоугольное полотнище с отношением высоты к длине 1 : 2, состоящее из двух диагонально расположенных треугольников примерно одинаковых размеров, верхний зеленого цвета, нижний синего цвета разделённые между собой белой узкой полоской напоминающей форму чайки и символизирующей снежный Байкальский хребет.
В верхнем правом углу знак, означающий северную точку озера Байкал. Нижнюю часть флага по всей длине подчеркивает эвенкийский орнамент.
3.2. Обоснование символики флага:
Светло-зеленый цвет символизирует свободу, вечность жизни, обилие лесов на территории района.
Светло-синий цвет символизирует обилие водных ресурсов озера Байкал.
Белая разделительная полоса в виде чайки символизирует Байкальский хребет, покрытый снегами более 8 месяцев в году.
Эвенкийский орнамент символизирует первых поселенцев-жителей района, три эвенкийских рода - киндигиры, чильчигиры, шамагиры, которые поселились на севере озера Байкал более 400 лет.
Четырехконечный знак в верхнем правом углу флага символизирует самую северную точку озера Байкал.

По сообщению В. Пермякова

Видимо, флаг 2018 года не получил достаточного признания... Во всяком случае спортсмены района выступают под синим флагом с названием района.

Фото прислано В. Попоски (V. Poposki)