Сегежский район образован в 1927 году в составе Автономной Карельской ССР, в 2004 году образовано муниципальное образование "Сегежский муниципальный район".

Герб и флаг муниципального образования Сегежский муниципальный район республики Карелия утверждены решением Совета Сегежского муниципального района от 30 октября 2019 года № 81. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12757. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба района с заменой геральдических серебра, золота, червлени и лазури соответственно белым, жёлтым, красным и голубым цветами".

Сосна символизирует природу, оконечность щита – озеро Выгозеро. Вырубные кресты – финно-угорский солярный знак, солнце - гидроэнергетика.

По информации В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым

В 2023 году МО Сегежский муниципальный район стало муниципальным образованием "Сегежский муниципальный округ".

Уже Решением Совета Сегежского мун.округа от 19 сентября 2023 года № 11 "О применении герба и флага муниципального образования "Сегежский муниципальный район" в качестве официальных символов Сегежского муниципального округа Республики Карелия" было установлено, что символами нового муниципального образования будут те же герб и флаг, что использовались муниципальным районом.

Источники: документ на сайте Сегежского МО

Официально символика муниципального округа утверждена Решением Совета Сегежского мунуниципального округа от 27 декабря 2023 года № 91 "Об официальных символах Сегежского муниципального округа". Флаг муниципального округа точно повторяет бывший флаг муниципального района.

Источники: журнал "Геральдический курьер" № 5 (см. инф. о журнале) и документ на сайте Сегежского МО