Сарапульский район образован в 1924 году в составе Уральской области, в 1937 года входит в состав Удмуртской АССР. Центром района до 1991 года был город Сарапул, ныне - село Сигаево. На территории Сарапульского района в 2006 году создано одноименное муниципальное образование (муниципальный район) "Сарапульский район". В 2021 году муниципальный район преобразован в муниципальный округ (но в названии округа слово "район" сохранено; район также сохранился и как административно-территориальная единица).

Флаг Сарапульского района утверждён решением Совета депутатов Сарапульского района № 1/154 от 7 июня 2004 года.

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище, точно соответствующее символике герба. Соотношение ширины к длине -1:2. Цвета обоих символов толкуются в общепринятом значении". "В волнисто пересеченном серебром и лазурью щите выходящий из нижней части зеленый диск; поверх всего выныривающий золотой осетр. В лазоревой главе щита золотой крест с треугольными вырезами на концах".

"... Центральной фигурой герба является желтая (золотая) рыба - стерлядь, наделенная наиболее характерными внешними чертами. Она подчеркивает большую роль реки Камы в жизни Сарапульского района. "Желтая рыба" - стерлядь – символ Сарапульского района - концентрирует в себе эзотерический образ жизненной живости, энергии, а волны символизируют вечное движение и постоянную изменчивость окружающего мира. Желтую (золотую) рыбу можно мысленно ассоциировать со всеми несметными духовными и материальными богатствами района, а также представить символом не упущенных возможностей. Зеленый холм символизирует в гербе Сарапульского района возвышенное место - правый возвышенный берег реки Камы, который исторически является наиболее почетным местом Сарапульского района. А желтая (Золотая) звезда "Толэзё" или "Шудо кизили" - "Счастливая звезда" (греческий крест с клинчато - раздвоенными концами) показывает принадлежность субъекта права - Сарапульского района Удмуртской республики, и выступает как оберег района от напастей...".

Автор проекта символики герба и флага Сарапульского района - Лобанов Ю.Н.

Использованы материалы сайта Удмуртской республики

В 2004 году флаг Сарапульского района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1553.

Решением Сарапульского районного Совета депутатов от 8 сентября 2013 № 10/223 утверждено Положение "О порядке официального использования флага МО "Сарапульский район". В нем продублировано описание флага.