Флаг Пугачевского СП утвержден Решением Совета народных депутатов Пугачёвского СП № 41/2 от 10 сентября 2010 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6273.

Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Пугачёвского сельского поселения Котельниковского муниципального района в белом, синем, желтом и черном цветах.

Рисунок прислан В. Пермяковым. Данные о ГГР - из геральдического архива В. Маркова (г. Санкт-Петербург).