В 1928 году образован Александровский район, который позже входил в Курскую область, а с 1954 года - в Белгородскую область. В 1968 году район переименован в Прохоровский. В 2005 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района (но сохранило наименование МО "Прохоровский район"). В составе района созданы городское поселение "поселок Прохоровка" и несколько сельских поселений. Областным законом от 25 февраля 2025 года МО "Прохоровский район" преобразовано в Прохоровский муниципальный округ. Все муниципальные образования 1-го уровня в составе района упразднены.

Флаг Прохоровского района "воспроизводит цвета и фигуры герба Прохоровского района, утвержденного решением 15 сессии Прохоровского районного Совета депутатов от 23 января 1999 года № 102". Описание флага в тексте Положения о флаге:

"3. Флаг Прохоровского района представляет собой двустороннее прямоугольное полотнище, на лицевой стороне которого в зеленом поле между двумя белыми волнистыми поясами желтый меч в пояс, острием в лево. На оборотной стороне полотнища помещено аналогичное зеркальное изображение.
Отношение ширины полотнища к длине – 2: 3.
Древко флага и навершие в форме пики бронзового цвета".

По материалам информационного сайта Прохоровского района (по сообщению В.Попоски)