Приморско-Ахтарский район образован в 1924 году. В 2005-2024 гг муниципальное образование Приморско-Ахтарский район существовало в форме муниципального района.

Флаг района утвержден решением Совета муниципального образования Приморско-Ахтарский район №139 от 16 декабря 2005 года и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №2147. Описание флага:

"Флаг Приморско-Ахтарского района представляет собой белое прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба района: вдоль нижнего края голубая полоса, верхний край которой выполнен в форме волн бегущих в сторону древка (габаритная ширина полосы 1/2 ширины полотнища). Из-за полосы посередине выходит красное солнце, посередине голубой полосы изображён белый, бьющий хвостом, осётр".

Авторская группа: идея герба и флага: Н. И. Нецветаева (Приморско-Ахтарский район), М. Шарунов (Краснодар), геральдическая доработка: К. Мочёнов (Химки), обоснование символики: К. Переходенко (Конаково), компьютерный дизайн: Г. Русанова (Москва).

По материалам сайта администрации Краснодарского края

В феврале 2024 года муниципальный район "Приморско-Ахтарский район" преобразован в муниципальное образование "Приморско-Ахтарский муниципальный округ". Все существовавшие до этого в составе района 9 муниципальных образований нижнего уровня упразднены.