Первый флаг Предгорного района - синее полотнище с белым крестом, в середине которого герб района.

Реконструкция по фотографии на сайте http://www.predgor-ray.ru (данные 2010)

В 2004 году муниципальное образование стало называться "Предгорный муниципальный район". В его составе были образованы муниципальные образования 1-го уровня (сельские поселения): посёлок Мирный, станица Бекешевская, станица Боргустанская, Винсадский сельсовет, Ессентукский сельсовет, Нежинский сельсовет, Новоблагодарненский сельсовет, Подкумский сельсовет, Пригородный сельсовет, Пятигорский сельсовет, Суворовский сельсовет, Тельмановский сельсовет, Этокский сельсовет, Юцкий сельсовет, Яснополянский сельсовет.

Новый флаг Предгорного района утверждён Решением Совета Предгорного МР от 22 декабря 2017 года № 12. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12488.

1. Описание флага:
Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, воспроизводящее композицию герба в красном, белом и синем цветах.
2. Обоснование символики флага.
Флаг является, так называемым, «гласным» или «говорящим», поскольку изображенные на нем символы в полной мере отражают основополагающие исторические, природные, экономические и духовные составляющие зарождения, развития и современной жизнедеятельности муниципального района.
Предгорный муниципальный район Ставропольского края имеет уникальное географическое положение, поскольку расположен в предгорьях Кавказских гор. Район входит в состав эколого-курортного региона Кавказские Минеральные Воды и является надежным продовольственным цехом городов-курортов. Это обстоятельство легло в основу идейно-образного решения флага.
Горная гряда аллегорически показывают расположение района в предгорьях Кавказских гор.
Терское казачье войско отражено двумя казачьими шашками в ножнах, что говорит о миролюбии, мужестве и отваге проживающих на территории Предгорного района казаков.
Золотые пшеничные колосья символизируют не только аграрную хозяйственную ориентацию района и урожай, но и единство муниципальных образований района. Пятнадцать зерен в колосьях символизируют количество муниципальных образований поселений района.
Лазурь (голубой цвет верхней части щита) символизирует красоту, величие, развитие, движение вперед, надежду, мечту, а также водные богатства района.
Серебро (белый цвет горной гряды) символизирует благородство, высокий нравственный и интеллектуальный потенциал, чистоту и правдивость.
Червлень (красный цвет нижней части щита) символизирует труд, мужество, жизненную силу, отвагу и дань уважения предкам.
Золото (желтый цвет колосьев), символизирует знатность, могущество и богатство, а также христианские добродетели: веру, справедливость, милосердие и смирение. Кроме того, золото, подобно солнцу, не изменяется, не поддается воздействию извне, оно является символом вечности. Так оно олицетворяет фундаментальное прошлое, стабильное настоящее и перспективное будущее района.

Использованы материалы геральдического архива В. Маркова

В 2020 году Предгорный муниципальный район преобразован в Предгорный муниципальный округ, все муниципальные образования в составе Предгорного муниципального района упразднены. Но как административно-территориальная единица Предгорный район продолжил существование.

Решением Думы Предгорного муниципального округа от 26 февраля 2021 года № 17 "Об официальных символах Предгорного муниципального округа Ставропольского края" Предгорный муниципальный округ определен правопреемником герба и флага Предгорного муниципального района. Утверждены также Положения о гербе и флаге. Согласно Положению о флаге:

"1. Описание флага.
Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, воспроизводящее композицию герба в красном, белом и синем цветах.

По информации В. Пермякова