Пинежский район образован в 1929 году из части упразднённого Архангельского уезда, в 1959 году к нему был присоединён Карпогорский район. Административный центр — село Карпогоры. Решением от 7 июня 2023 года Пинежский район преобразован в муниципальный округ.

Флаг Пинежского района утверждён Решением Собрания депутатов МО "Пинежский район" №214 от 9 декабря 2010 года "Об утверждении официальных символов муниципального образования "Пинежский муниципальный район". Авторы герба и флага - Общество с ограниченной ответственностью «АРЕАЛ–ПРИНТ» (г. Кострома). Согласно тексту Положения о флаге:

"2. Описание флага.
2.1. Флаг муниципального образования «Пинежский муниципальный район» Архангельской области представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Пинежского района в зеленом, белом и желтом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №6715.

Материалы сайта Пинежского муниципального района

После преобразования муниципального района в муниципальный округ был принят новый документ о символах - Решение Собрания депутатов Пинежского муниципального округа от 29 марта 2024 года № 88 "О гербе и флаге Пинежского муниципального округа Архангельской области". Флаг не изменился:

"Флаг Пинежского муниципального округа Архангельской области представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Пинежского муниципального округа Архангельской области в зеленом, белом и желтом цветах".

Материалы сайта Пинежского муниципального округа