Перовский район образован в 1924 году, в 1926 году он переименован в Партизанский район. С 2005 года муниципальное образование в границах района имело статус муниципального района. Согласно Закону Красноярского края от 15 мая 2025 года Партизанский муниципальный район стал частью Манско-Уярского муниципального округа, перестав быть отдельным муниципальным образованием.

Флаг Партизанского района утвержден Решением Партизанского районного Совета депутатов №34-286-р от 14 февраля 2008 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4299.

2.1. Описание ФЛАГА:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, рассечено белым волнистым косым крестом: вверху и внизу – красный цвет, по сторонам – синий цвет, поверх креста – желтое перо, острием к древку".
2.2. Толкование символики ФЛАГА:
Красный цвет – символ красоты, величия, символизирует отношение района к партизанскому движению в начале двадцатого века.
Синий цвет – богатство района водными, лесными ресурсами и активными благородными жителями.
Белый цвет – символизирует реки Мана и Мина, а также железнодорожную магистраль «Абакан-Тайшет».
Желтое перо – историческое название Перовской волости Енисейской губернии и природное богатство района.
Геометрическая форма креста ассоциируется с картографической формой района.
2.3. Авторская группа:
Дюков В.Б., Шматько В.А. (все г. Красноярск), Кудрявцев А.В. (с. Партизанское).

По материалам портала Геральдика.Ру со ссылкой на книгу - К.Моченов, Ю.Коржик, В.Дюков "Официальные символы муниципальных образований Красноярского края" Москва, 2011.