Флаг Панкрушихинского района утвержден Решением Панкрушихинского районного Совета депутатов от 20.06.2024 №25РС. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14997.

Описание флага Панкрушихинского района:
Прямоугольное желтое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Панкрушихинского района, выполненные белым, зеленым, бордовым и желтым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага Панкрушихинского района.
Флаг Панкрушихинского района составлен на основании герба Панкрушихинского района и повторяет его символику, языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражая природные богатства и основной вид деятельности местного населения. Во все фигуры флага заложена многозначная символика.
В Панкрушихинском районе расположено большое количество сельскохозяйственных земель, лежащих на северо-западе Алтайского края, освоенные благодаря трудовому подвигу людей. Район был образован 12 сентября 1924 года. Административный центр – село Панкрушиха, основанное в 1759 году.

Природа щедро одарила Панкрушихинский район плодородными почвами, поэтому ведущую роль здесь играет сельское хозяйство, что символически показано желтым (золотым) полем. Золотое поле – древнейший символ земледелия, плодородия и изобилия, единства трудов человека и природных богатств.
Лось в гербе символизирует природу и богатую фауну здешних мест. Лось – животное, символизирующее свободу, независимость и достоинство.
Белая (серебряная) полоса символ чистоты, небесного свода, совершенства, мира и взаимопонимания.
Солнце – символ тепла и энергии, благополучия и удачи, надежды и рождения новой жизни, свидетельствует о приходе нового дня.
Зеленая часть главы герба символизирует лесные богатства района –сосновый бор и березовые колки. Леса имеют большое почвозащитное значение, являются естественными заграждениями от выветривания, сдерживают песчаные бури, формируют оптимальный для жизнедеятельности человека микроклимат. Благодаря способности лесов аккумулировать влагу они являются естественным оазисом для обеспечения жизни. Сосновый бор и березовые колки относятся к категории ценных лесов.
Таким образом, флаг Панкрушихинского района не только отражает его природу и основной вид деятельности местного населения, но также символизирует его историю, показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому.
Применённые во флаге цвета и металлы символизируют:
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, мудрости, примирения;
зеленый цвет – символ жизни, молодости, природы, роста, здоровья;
бордовый цвет (пурпурный) – символ древнего происхождения, знатности, могущества, справедливости и достоинства.

Авторская группа:
идея флага: Сергей Незбудей (с.Подойниково-Барнаул);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва).

По информации К. Мочёнова