В 2004 году в ходе муниципальной реформы на территории Озёрского района Калининградской области создан "Озёрский городской округ". В 2008 году округ получил статус муниципального района, муниципальное образование называлось тогда "Озёрский район". 2014 году "Озёрский район" вновь преобразован в "Озёрский городской округ".

С 1 января 2022 года статус муниципального образования изменен, теперь это Озёрский муниципальный округ.

Флаг Озёрского городского округа создан на основе герба и утвержден Решением Озёрского окружного Совета депутатов от 31 мая 2006 года №390 "О флаге муниципального образования "Озёрский городской округ". После преобразования Озерского городского округа в район этот флаг стал флагом Озерского муниципального района.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №2490.

По сообщению Н.Рокуша

Решением Озерского районного совета от 29 октября 2010 года № 179 в решение о флаге внесены изменения, в частности везде по тексте упоминание "Озёрского городского округа" заменено на "Озерский район".

Положение о флаге Озёрского ГО утверждено Решением Окружного Совета депутатов МО "Озёрский городской округ" от 28 мая 2015 года № 46. Описание флага в тексте Положения:

"Флаг муниципального образования «Озерский городской округ» представляет собой: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в синем, зеленом, черном, белом и желтом цветах".

По сообщению В. Пермякова