Охотск - старейший населенный пункт Хабаровского края, острожек основан в 1647 году. С 1783 года Охотск - город, центр Охотского уезда Иркутского наместничества. В 1796-1805 гг Охотск был центром Охотской области. С 1849 года входил в состав Якутской области (как центр округа), с 1858 года - в состав Приморской области (как центр округа). Охотский район образован в 1926 году в составе Дальневосточного кра, с 1938 года в составе Хабаровского края. Город Охотск в 1927 году стал сёлом, а в 1949 году получил статус посёлка городского типа. В 2004 году муниципальное образование в пределах района получило статус муниципального района, в его составе созданы муниципалитеты первого уровня: городское поселение "посёлок Охотск" и несолько сельских поселений. Законом края от 26.05.2023 года № 399 Охотский муниципальный район преобразован в Охотский муниципальный округ. Все сельские поселения в составе Охотского района, а также Охотское городское поселение утратили муниципальный статус, административный Охотский район также стал округом.

Флаг Охотского района утвержден Решением Собрания депутатов Охотского МР № 73 от 26 августа 2005 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2029.

"Голубое прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба: вдоль нижнего края белая полоса, верхний край которой выполнен в форме волн, бегущих в сторону свободного края. Из-за полосы выходит красный круг, окруженный в два ряда половинками малых кругов того же цвета (все красные фигуры имеют жёлтую кайму); над кругом изображен жёлтый штандарт с орлом времен Екатерины II, древко которого положено поверх двух якорей накрест того же цвета".

Использованы материалы брошюры "Символика Российской Федерации, Хабаровского края, муниципальных образований края" Методика. Информация. Практика. №2 (73) 2010 г. (предоставлена Б.Вольфовым)

Законом края от 26.05.2023 года № 399 Охотский муниципальный район преобразован в Охотский муниципальный округ.