Флаг Новомышастовского СП утвержден решением № 38/2 Совета муниципального образования Новомышастовское сельское поселение Красноармейского района от 20 декабря 2011 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7486. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине2:3, воспроизводящее композицию герба Новомышастовского сельского поселения Красноармейского района в зеленом, малиновом, белом и жёлтом цветах".

Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
В 1792 -1793 годах к кубанским плавням, заросшим непроходимыми камышами, у леса, занимавшего площадь в несколько тысяч десятин, теперь называемого «Красным», был переселён курень Мышастовский, один из 38 Запорожских куреней переселенных на Кубань в составе Черноморского казачьего войска (ЧKB). Из-за неудачного выбора места в 1810 году жителям Мышастовского куреня было разрешено перебраться на реку Кочеты. На старом месте, на тракте Екатеринодар - Тамань была оставлена почтовая станция, которая продолжала называться Мышастовской. Для усиления границы в 1823 году по указу Черноморского Войскового правительства было принято решение об усилении Мышастовского куреня и вблизи от него было основано новое куренное селение, которое официально с 9 июня 1827 года было названо Новомышастовским. Основателями его стали казаки из различных куреней, переселившихся на Кубань в 1792-1793 годах и переселенцы из Полтавской и Черниговской губерний.
Пурпур (малиновый цвет) является определяющим цветом запорожских (черноморских) казаков и символизирует цветущую землю, верность, скромность, набожность.
Изображение голубя аллегорически указывает на то, что история станицы началась с создания почтовой станции – голубь один из символов почтового сообщения. Голубь также символ миролюбия, дружбы и взаимопонимания.
Изображение метёлки риса аллегорически указывает на то, что именно на землях Новомышастовского сельского поселения была заложена первая в Краснодарском крае рисовая система.
Изображение пшеничных колосьев символизирует развитое сельское хозяйство, выращивание зерновых.
Изображение метёлок риса и пшеничных колосков указывает на то, что выращивание именно этих сельхозкультур является доминирующим на землях поселения.
Казачья шашка в ножнах символизирует воинскую доблесть и боевые заслуги новомышастовцев.
Зелёный цвет символизирует жизнь, надежду, здоровье, сельское хозяйство, красоту окружающей природы.

Материалы предоставлены М.Шаруновым