Флаг города Новокуйбышевска утвержден решением Думы городского округа Новокуйбышевск от 19 октября 2006 года №253 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №2635. Описание флага:

"Флаг городского округа Новокуйбышевска представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение трёх белых водяных лилий из герба городского округа Новокуйбышевск".

Обоснование символики флага городского округа Новокуйбышевск.
Флаг городского округа разработан на основе герба городского округа, который языком символов и аллегорий отражает исторические и природные особенности города;
Новокуйбышевск - молодой город, получивший свой статус в 1952 году. Он был образован при строительстве нефтеперерабатывающего завода. Основой города стали три села Русские Липяги, Мордовские Липяги и Чувашские Липяги, аллегорически отражённые в гербе цветками водной лилии - символа молодости, красоты, расцвета жизни:
серебро в геральдике- символ совершенства, чистоты, мира и взаимопонимания;
синий цвет поля дополняет символику и указывает на географическое расположение городского округа Новокуйбышевск на берегах реки Волги;
синий цвет в геральдике символизирует духовность, честь, славу, водные просторы и чистое небо".

Авторская группа:
авторы герба: администрация города Новокуйбышевска;
Константин Мочёнов (Химки);
компьютерный дизайн: Юрий Коржик (Воронеж).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России