Новодугинский район образован в 1929 году. В 2004 году на территории района создано одноименное муниципальное образование (муниципальный район), в его составе образованы несколько сельских поселений. В 2024 году муниципальный район "Новодугинский район" преобразован в Новодугинский муниципальный округ, все сельские поселения при этом упразднены.

Флаг МО "Новодугинский муниципальный округ" утвержден Решением Новодугинского окружного Совета депутатов от 23.04.2026 г. № 31. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 15533.

"Описание флага Новодугинского муниципального округа:
"Прямоугольное полотнище желтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Новодугинского муниципального округа, выполненные в зеленом, синем, желтом и белом цветах. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Новодугинского муниципального округа.
Флаг Новодугинского муниципального округа составлен на основании герба Новодугинского муниципального округа и повторяет его символику, показывая уважительное отношение жителей к своей истории и преемственность геральдического наследия.
Отражение природных богатств Новодугинского муниципального округа многозначно показано фигурами и цветами:
– дугообразная излучина реки Вазузы, изображенная дугой, волнисто пересеченной синего (лазоревого) и белого (серебряного) цветами, делает символику гласной;
– леса показаны елями, расположенными по берегам реки;
– пять елей, аллегорически показывают пять сельских поселений: Высоковское, Днепровское, Извековское, Новодугинское и Тёсовское, составляющие Новодугинский муниципальный район перед его преобразованием в Новодугинский муниципальный округ;
– густой еловый лес на золотом (желтом) поле символизирует партизанскую славу в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 годах.
Окрыленное колесо, отсылающее к традиционной железнодорожной эмблеме, указывает на историческую роль поселка Новодугино, центра Новодугинского муниципального округа, как торгового и транспортного узла.
Колесо – символ движения, развития и прогресса.
Примененные во флагее металлы и цвета дополняют символику:
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
синий цвет (лазурь) – символ искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели;
зеленый цвет – символ жизни, природы, сельского хозяйства, радости, надежды и здоровья.
Таким образом, флаг Новодугинского муниципального района показывает бережное отношение населения к природным ресурсам и своей истории, сохранение преемственности многих поколений.

Авторская группа:
идея флага: Александр Полищук (п.Новодугино – Москва);
геральдическая доработка и обоснование символики: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).

По информации К.Ф. Моченова