Новоаганск основан в 1966 году в ходе Аганской нефтегазоразведочной экспедиции. С 1978 года - поселок городского типа. C 2004 года городское поселение. На территории МО расположены пгт.Новоаганск и с.Варьеган.

Флаг Новоаганска утверждался Решением Совета депутатов городского поселения Новоаганск от 18 декабря 2008 года № 19. Тогда флаг состоял из синей и зелёной горизонтальных полос, у древка изображался национальный орнамент, на верхней полове - эмблема в виде жёлтого круга с изображением нефтяной вышки. Но этот вариант не был одобрен Геральдическим советом.

Новый флаг Новоаганска утвержден решением Совета депутатов городского поселения Новоаганск от 4 февраля 2011 года №129 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6766. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из равных горизонтальных полос зеленой и голубой, и несущее в середине фигуры из герба поселения, выполненные белыми, серыми, желтыми, оранжевыми и черными цветами".

Обоснование символики флага городского поселения Новоаганск.
Символика фигур флага городского поселения Новоаганск многозначна:
- черные стропила, заполненные белым цветом - аллегория нефтяных и газовых месторождений. Три стропила символизируют три основных предприятия поселения: Аганскую нефтегазоразведочную экспедицию, благодаря которой поселок возник и развивался, "Аган-бурение" - градообразующее предприятие и ОАО МПК "Аганнефтегазгеология";
- черные стропила на фоне золотого круга-безанта - аллегория "черного золота" - нефти, от добычи которой зависит благосостояние поселения;
- золотое солнце с лучами в виде национального узора "оленьи рога" - символизирует расположение поселения в Ханты-Мансийском автономном округе - Югре, а также образно показывает красоту и благоустроенность поселения;
- расположение лучей солнца соприкасающихся друг с другом - символ дружбы и взаимопомощи жителей поселения;
- голубая полоса символизирует реку Аган, давшую имя поселению, отображённому на полотнище зеленой полосой.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, солнечного тепла и энергии.
Авторская группа:
идея флага: Екатерина Воронцова (пгт. Новоаганск), Константин Мочёнов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России