В 1927 году образован Новгородский район Новгородского округа Ленинградской области. В 1944 году вошел в новосозданную Новгородскую область. В 1962-1965 гг район был укрупнен и стал именоваться "Новгородский сельский район", затем вернулся к старым границам. В 2005 году в границах района образовано МО "Новгородский муниципальный район", а в его составе два городских (Панковское и Пролетарское) и несколько сельских поселений. Областным законом от 3 марта 2025 года Новгородский муниципальный район был преобразован в Новгородский муниципальный округ. При этом все муниципалитеты в границах района утратили муниципальный статус.

Решение Новгородского районного Совета от 28 мая 1998 года №56 "О гербе и флаге района" закрепило флаг Новгородского района. В этом Решении присутствовал только рисунок флага (тогда как по гербу были и рисунок и текст Положения). Решение Новгородского районного Совета от 25 сентября 1998 года №71 "Об утверждении Положения о флаге Новгородского района" было принято также и Положение о флаге, согласно которому:

"2. Флаг района представляет собой синее прямоугольное полотнище (120 x 80 x 24) с соотношением ширины и длины 2:3 с белой полосой вдоль нижнего края (отношение ширины этой полосы к длине полотнища - 1:5) и с помещенным посередине, вплотную к белой полосе, изображением желтой (золотистой) древней ладьи с солнцем на белом парусе. Символика флага района воспроизводит символику герба района".

В гербе района в серебряном подножии изображаются также две синие рыбы. Судя по описанию, на флаге они не повторены.

Использованы материалы сайта администрации Новгородского района

По данным В. Маркова флаг района был утвержден Решением № 71 от 25.09.1998 года, но при этом рыбы в нижней части полотнища все же были, а вот медведей не было... Согласованное в Геральдическом совете описание флага звучало так:

"Флаг района представляет собой синее прямоугольное полотнище с соотношением ширины и длины 2:3 с белой полосой вдоль нижнего края (отношение ширины этой полосы к длине полотнища -1:5) и с помещенным посередине, вплотную к белой полосе, изображением желтой древнерусской ладьи с такими же веслами и щитами вдоль бортов , с трезубцем на конце мачты и с белым парусом, обремененным желтым в красных лучах, солнцем Символика флага в соответствии с действующими вексиллологическими правилами воспроизводит символику герба Новгородского района".

В таком виде флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 315.