Флаг Нижнеудинского района утвержден Решением Думы МО "Нижнеудинский район" № 44 от 31 ноября 2018 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12172.

3.1. Флаг муниципального образования "Нижнеудинский район" представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба с заменой геральдических золота, серебра и лазури соответственно жёлтым, белым и голубым цветами.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Флаг разработан на основе исторического герба города Нижнеудинска. Авторская группа: идея – С.М. Худоногов, А.Б. Архангельский, К.И. Паулавичус, К.В. Абрамов (г. Нижнеудинск),геральдическая доработка, консультации – Ю.Ю. Росич (г. Москва).

По информации В. Пермякова