Флаг Нивнянского СП утвержден Решением Нивнянского сельского совета народных депутатов от 24 мая 2024 года № 122. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 15051.

«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее вверху из равновеликих красной и голубой вертикальных полос и зелёной горизонтальной полосы шириной в 1/4 флага внизу, на котором воспроизведена композиция фигур из герба муниципального образования, выполненная с заменой геральдических золота и серебра желтым и белым цветами соответственно».
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Из обоснования символики герба: "... Церковная главка в гербе символизирует древнюю историю поселения, а также обозначает старинную Церковь Рождества Пресвятой Богородицы в селе Нивное, построенную в XIX в., вместо прежнего деревянного храма 1731 г., по проекту известного российского архитектора А.О. Бернардацци. Кроме того, в история края сохраняется память о старинной Церкви Пречистой Богородицы (XVII в.) в Старом Дрокове и уникальной деревянной Церкви Покрова Пресвятой Богородицы в Высокоселище (1761 г.), являющейся прекрасным образцом русского зодчества.
Казачью историю поселения, а также известные казачьи роды, которые внесли немалый вклад в историю местных земель (Лишины, Есимонтовские, Искрицкие и т.д.) в гербе символизируют две скрещенные серебряные казачьи шашки с золотыми рукоятями.
Колосья – эмблемы сельского хозяйства, которое является одной из важнейших отраслей экономики поселения.
Деление поля герба означает принадлежность Нивнянского сельского поселения к приграничному Суражскому району Брянской области.
Примененные в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Желтый цвет (золото) – символизирует справедливость, стабильность, богатство, великодушие.
– Белый цвет (серебро) – символ совершенства, благородства и веры.
– Зеленый цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, изобилия, природы, а также символ лесов.
– Синий цвет (лазурь) – символ великодушия, возвышенных устремлений, честности, искренности, верности, добродетели и безупречности, а также цвет неба и водных ресурсов.
– Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы и энергии, красоты и праздника.

По информации И. Афонасенко