Большесольский район образован в 1932 году, с 1936 года он входит в Ярославскую область. В 1938 году с. Большие Соли переименовано в село Некрасовское, район также стал называться "Некрасовским". Муниципальное образование в пределах Некрасовского района называлось до 2005 года "Некрасовский муниципальный округ", в 2005-2024 гг - "Некрасовский муниципальный район", с 2024 года - вновь "Некрасовский муниципальный округ".

Флаг Некрасовского муниципального округа утвержден Решением Собрания представителей Некрасовского муниципального округа № 75 от 26 мая 2005 года. Флаг разработан К.Ф.Моченовым и коллективом Союза геральдистов России. Флаг Некрасовского муниципального округа внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1918 в июне 2005 года.

Прямоугольное красное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное вдоль посередине волнистой полосой в 1/6 ширины полотнища и несущее фигуры из гербовой композиции: вверху - вверху белый меч с желтой рукоятью поверх двух желтых бердышей накрест; внизу – жёлтые соляной колодец в виде сруба и две подпоры, на которых укреплен белый ковш с жёлтой рукоятью.

По материалам статьи К.Моченова и Ю.Коржика "О муниципальных флагах в РФ" в журнале "Гербовед" №83.

После преобразования муниципального округа в муниципальный район этот флаг стал использоваться и районом.