Нейский район образован в 1929 году в составе Ивановской Промышленной области, с 1944 года - в составе Костромской области. В 2004 году создано муниципальное образование - муниципальный район "город Нея и Нейский район". В марте 2021 года областным законом муниципальный район "город Нея и Нейский район" преобразован в Нейский муниципальный округ.

Флаг города Неи и Нейского района разработан специалистами "Союза геральдистов России" и утверждён Решением Собрания депутатов МР № 157 от 25 мая 2007 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3550.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по вертикали на две равные части – белую и голубую; поверх линии деления изображена ель, снаружи вдоль края обрамленная изогнутой полосой, повторяющей ее очертания; в белой части ель зеленого цвета, а полоса голубого, в голубой части – ель желтая, а полоса белая.

"До IX столетия на территории современного района жили племена Меря, на языке которых "неия" означает "переплетенная, извилистая река", а при заселении земель славянами название сохранилось. Геральдическая фигура - волнистое стропило, указывает на название реки, давшей имя городу и району.
Ель в гербе (и флаге) символизирует лесопильную и деревообрабатывающую промышленность, которая стала быстро развиваться в Нее после открытия Волго-Вятской железной дороги в начале XX века.
Геральдический прием - рассечение щита в гербе города Неи и Нейского района многозначно:
- символизирует линию железной дороги - город Нея возник на базе железнодорожной станции;
- указывает на то, что район находится в центре области;
- показывает связь реки и деревообрабатывающей промышленности - лесопильные заводы обычно располагались по берегу рек. Также взаимосвязь реки и промышленности подчеркивается повторением очертаний стропила, символизирующего реку, и ели.
Серебро в геральдике символизирует совершенство, благородство, мир и взаимопонимание,
Золото в геральдике - символ уважения, постоянства, богатства, интеллекта.
Зеленый цвет символизирует природу, надежду, возрождение, здоровье.
Лазурь (синий, голубой) - символ чести, искренности, верности, чистого неба и водных просторов.

По информации А.Куприна ("БИАР", г.Москва)