Флаг Нарьян-Мара утверждён Постановлением Нарьян-Марского городского Совета №30 от 31 мая 2001 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №763. Описание флага:

1.2. Описание флага: "Флаг муниципального образования "город Нарьян-Мар" представляет собой прямоугольное двустороннее алое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с синей выщербленной полосой по нижнему краю полотнища шириной 1/4 от общей ширины, воспроизводящее в центре на 1/3 длины полотнища композицию гербового щита муниципального образования «город Нарьян-Мар».
1.3. Символика флага: За основу герба муниципального образования "город Нарьян-Мар " взят герб города, утвержденный решением исполнительного комитета Нарьян-Марского городского Совета народных депутатов 07.04.1978 г.
Город Нарьян-Мар - столица Ненецкого автономного округа. Ведущие предприятия города, чья продукция дает основной доход округу и идет далеко за пределы округа и области, связаны с основными отраслями народного хозяйства и занятием населения - оленеводством и рыболовство.
В гербе центральное место занимает изображение головы оленя с рогами, символи- зирующее главное занятие местного населения - оленеводство.
Стилизованные серебряные рыбы в оконечности показывают - рыболовство. Серебро в геральдике символ - чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Красный цвет поля говорит о названии города Нарьян-Мар в переводе на русский язык, который означает - Красный город, а также этот цвет символизирует мужество, красоту и |жизнь.
Голубая оконечность герба символизирует реку Печору. Этот элемент герба подчеркивает также, что Нарьян-Мар - морской и речной порт. Голубой цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины и добродетели.
1.4. Авторы флага: . Константин Моченов (г. Химки)
Семен Коткин (г. Нарьян-Мар)
Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва)
Юрий Коржик (г. Воронеж)

Проект флага разработан и утверждён с помощью Союза Геральдистов России.

Использована информация и рисунки сайта Союза геральдистов России

Решением Совета городского округа "город Нарьян-Мар" от 24 октября 2012 года № 466-р в Постановление о гербе и флаге Нарьян-Мара (2001 г.) внесены изменения. Фактически - бывший флаг муниципального образования "город Нарьян-Мар" разрешено без изменений использовать муниципальному образованию "городской округ "город Нарьян-Мар".

Решением Совета городского округа "город Нарьян-Мар" от 28 ноября 2013 года № 616-р в Положение о флаге Нарьян-Мара (2001) внесены некоторые изменения.