Флаг Мысковского городского округа утверждён Решением Мысковского городского Совета народных депутатов от 11 июня 2013 года № 39-н "Об утверждении Положения о флаге Мысковского городского округа". Авторы флага: Михаил Черняк, К. Ф. Мочёнов, Анна Гарсия, В. В. Мишин

Обоснование символики герба Мысковского городского округа.
Символика [герба]:
- цветок купальницы азиатской (огонёк азиатский) – символ красоты и чистоты окружающей Мысковский городской округ природы, символ роста и расцвета экономики и культуры поселения, стремление жителей поселения к достижению намеченных целей и реализации поставленных задач и планов;
- волнообразная часть герба символизирует 2 реки, протекающие по территории городского округа – Томь и Мрас-су, которые издревле имеют большое значение для жизнедеятельности местного населения;
- черная оконечность символизирует месторождения каменного угля, разрабатываемые в окрестностях Мысковского городского округа.
Зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду.
Лазурь также символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Золото – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.

Источник - "Википедия" (ред. страницы В. Пермяков). Текст документа от В. Маркова

Флаг Мысковского ГО внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8511.