Герб и флаг Мышкинского муниципального округа (они же герб и флаг города Мышкина) утверждены 30 мая 2002 года решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа". Согласно тексту этого решения:

"Статья 3.
Флаг Мышкинского муниципального округа представляет собой прямоугольное полотнище синего (лазоревого) цвета с соотношением ширины к длине 2:3.
В верхнем левом углу в желтом поле изображен герб Мышкинского муниципального округа (без зеленого поля), соотношение золотого поля к лазоревому 1:5.
Флаг Мышкинского муниципального округа независимо от его размеров должен соответствовать его описанию, данному в настоящей статье.
Флаг Мышкинского муниципального округа одновременно является флагом г. Мышкина".

Использованы материалы сайта Аналитического центра Администрации Ярославской области

Согласно новой редакции закона о местном самоуправлении был создан Мышкинский муниципальный район, в состав которого вошло городское поселение город Мышкин, а также сельские поселения Приволжское, Охотинское, Рождественское, Шипиловское.

Решением Собрания депутатов Мышкинского муниципального района Ярославской области от 28 декабря 2006 года № 70 "О внесении изменений в решение Собрания депутатов Мышкинского муниципального округа от 30.05.2002 года N 17 "О гербе и флаге Мышкинского муниципального округа" флаг бывшего Мышкинского муниципального округа был закреплён за Мышкинским муниципальным районом. Если раньше флаг Мышкинского муниципального округа являлся одновременно и флагом города Мышкина, то с 2006 года этот флаг закреплён исключительно за муниципальным районом. Для городского поселения город Мышкин вероятно будет составлен другой флаг.

Примечательно, что в статье 16 Решения было введено запрещение на использование даже отдельных элементов флага "в качестве геральдической основы флагов муниципальных образований Мышкинского муниципального района", общественных объединений, организаций.

По сообщению М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант"

Решением Собрания депутатов Мышкинского МР от 18 сентября 2011 года №66 в решение о гербе и флаге от 30.5.2002 года внесены изменения, не касающиеся внешнего вида герба и флага.