Первый вариант флага района разработан коллективом Союза геральдистов России (исп.директор К.Ф.Моченов) и утверждён решением Мостовского районного Совета депутатов от 14 мая 2004 года № 264:

"Прямоугольное полотнище, с отношением ширины к длине 2:3. Верхняя часть флага (1/4 ширины) голубая, средняя часть (2/4 ширины) зелёная, на которой по центру расположен элемент герба Мостовского района (изображение зубра), нижняя часть (1/4 ширины) белого цвета.

Решением Совета МО Мостовский район № 36 от 22 марта 2005 года принято Положение о флаге. Описание флага незначительно изменилось:

"Прямоугольное полотнище, с отношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на три полосы: верхняя полоса флага — голубая составляет 1/4 ширины флага; средняя полоса (2/4 ширины) — зеленая, по центру изображен элемент герба Мостовского района (зубр), нижняя часть (1/4 ширины) — белого цвета".

По материалам геральдического архива В. Маркова

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1875.

В книге "Официальные символы Краснодарского края и муниципальных образований" приводится описание флага (утв. 22.03.2005 г) с другими пропорциями полос:

""Прямоугольное полотнище, с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх горизонтальных полос: синей, зелёной и белой, занимающих 1/5, 3/5 и 1/5 полотнища соответственно. Посередине зелёной полосы — изображение жёлтого зубра из герба района с чёрными рогами, глазами и копытами".

Рисунок с таким же соотношением полос используется и на официальной странице муниципального образования в сети Интернет.