Флаг Мошковского района утвержден Решением Совета депутатов Мошковского района от 27 мая 2005 года № 3 [про данным "Википедии" и Сибирской геральдической коллегии] и Решением Совета депутатов Мошковского района от 24 февраля 2005 года № 9 [по данным В. Маркова] и внесен в государственный геральдический регистр РФ под №1997.

"Прямоугольное полотнище зелёного цвета с проходящей внизу горизонтальной полосой синего цвета, занимающей 1/5 ширины флага и несущее изображение жёлтого острога в виде палисада, составленного из колосьев, с деревянной жёлтой остроконечной башней с открытыми воротами. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

Обоснование символики флага Мошковского района:
Флаг Мошковского района разработан на основе герба Мошковского района.
Зеленый цвет – символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил, а также лесных богатств района.
Золотой (желтый) цвет – символ радушия, гостеприимства, справедливости, богатства, самостоятельности.
Лазоревый (синий, голубой) цвет – символ благополучия, мира, верности, развития, движения вперед, великой сибирской реки Обь, на берегах которой расположен район.
Острог, стоящий над рекой, символизирует первый на территории Новосибирской области Умревинский острог, основанный в 1703 г. и являвшийся одним из форпостом освоения русскими юга Западной Сибири. В флаге района он символизирует преемственность, верность традициям, память поколений.
Открытые ворота острога говорят о миролюбивости, открытости района, стремлении к сотрудничеству во всех сферах жизни.
Колосья символизируют сельское хозяйство, являющееся основой богатства и изобилия района.

Источники - "ВИКИПЕДИЯ", сайт Сибирской геральдической коллегии, геральдический архива В. Маркова