Мошенской район образован в 1927 году в составе Ленинградской области, затем вошёл в Новгородскую область. В 2023 году Мошенской муниципальный район преобразован в Мошенской муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Мошенской район сохранён.

Решением Думы Мошенского МО от 20 сентября 2023 года утверждена символика Мошенского муниципального округа.

2.1. Описание флага Мошенского муниципального округа:
Флаг Мошенского муниципального округа представляет собой прямоугольное полотнище с равновеликими двумя горизонтальными полосами:
верхняя полоса белого цвета, нижняя - голубого цвета.
Отношение ширины флага к его длине -2:3.

Использованы материалы геральдического архива В.Маркова

Новый флаг Мошенского МО утвержден решением Думы Мошенского муниципального округа Новгородской области от 28.08.2024 года № 171. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15094. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на котором воспроизводится композиция из герба муниципального округа (без изображения колосьев), выполненная с заменой геральдических лазури, серебра и золота соответственно голубым, белым и желтым цветами".

Вся композиция символизирует живописные ландшафты и чередование лесов, полей и лугов; церковная главка – православие и местный Никольский храм; ели – окружающие хвойные леса; волнистый пояс – реки Уверь и Кобожа; пучок колосьев – АПК.

Использованы материалы геральдического архива В.Маркова