Молоковский район впервые создан в 1929 году (позже упразднялся и восстанавливался), с 1935 года в Калининской области. В 2006 году создано муниципальное образование "Молоковский район" (муниципальный), в его составе 1 городское и 5 сельских поселений. Позже количество сельских поселений сократилось до 2. В 2021 году Молоковский муниципальный район преобразован в Молоковский муниципальный округ. Все существовавшие в его составе муниципальные образования низшего уровня упразднены.

Флаг Молоковского района утвержден Решением Собрания депутатов района № 108 от 17 апреля 2002 года и внесен в Государственный геральдический регистр под № 1032.

Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, на котором воспроизведены поля и фигуры герба района в красном, белом, зеленом и желтом цветах.

В верхней части изображены три равноконечных белых креста на красном поле. Белый цвет - символ чистоты и красоты. Красный цвет символизирует мудрость и доблесть жителей. Три креста - религиозный символ, ибо Молоково было вотчиной Троице-Сергиева монастыря. Кроме того - крест - символ не только религиозный, но и победительный, это символ храбрости и победы. Нижняя часть флага - это жёлтые круги на зеленом поле. Зеленый цвет - символ единения природы и земли, лесных и полевых богатств района. Три жёлтых круга - символ богатства прошлого, настоящего и будущего (золотой цвет также символ богатства и щедрости). Посередине флага - две волнообразные полосы белого цвета, разделенные зеленым полем, которые символизируют водное пространство района - две самые крупные реки района Мологу и Мелечу.

Материалы взяты с сайта "Регионального геральдического центра"

После преобразования района в муниципальный округ (2021 г.) символика была переутверждена Решением Думы Молоковского муниципального округа от 18 апреля 2023 г. № 145 "Об утверждении Положения о гербе и флаге Молоковского муниципального округа Тверской области".

--