Могочинский район образован в 1926 году. В 2004-2023 годах на территории района существовало муниципальное образование "Могочинский район" (муниципальный район). С 2023 года - Могочинский муниципальный округ (но в административно-территориальном делении Могочинский район сохранился).

Флаг Могочинского муниципального округа утвержден Решением Совета Могочинского муниципального округа от 27 февраля 2025 года № 166.

"9.1. Описание флага:
"Прямоугольное полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, посередине которого изображен свернувшийся в кольцо вокруг желтого ромба желтый же с красными глазами, зубами и языком крылатый змей без лап и с двумя головами, по одной на каждом своем конце, причем голова на хвосте меньше, с закрытыми глазами и пастью».
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Флаг Могочинского муниципального округа внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15212.

Материалы геральдического архива В. Маркова