Флаг Михайловского СП утвержден решением Совета депутатов муниципального образования "Михайловское сельское поселение" от 23 апреля 2014 года № 12/63 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 9966.

Описание флага
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на котором голубым, зеленым, малиновым, белым, желтым и оранжевым цветом воспроизведены фигуры из герба Михайловского сельского поселения».
Обоснование символики флага Михайловского сельского поселения.
Известной далеко за пределами Ульяновской области достопримечательностью Михайловского сельского поселения является памятник природы "Скрипинские Кучуры", Этот памятник представляют собой гряду лесистых холмов, расположенных в пяти километрах к югу от села Михайловка. Название происходит от села Скрипино, входящего в состав Михайловского сельского поселения. "Скрипинские Кучуры" представляют большую научную ценность как уникальный участок природы с неповторимым по красоте ландшафтом, со своеобразной флорой, являясь местом произрастания крайне редких растений, а также с интересным геологическим строением и рельефом.
Символика флага Михайловского сельского поселения многозначна:
- гора с пещерой - аллегорически символизирует памятник природы "Скрипинские Кучуры". Пещера - символ уединения, святости, таинственности. Гора символизирует уверенность, устойчивость, неизменность, нерушимость;
- папоротник - символ вечности и долголетия, исполнения желаний. Папоротник таит величие, изысканность и красоту в тенистых лесных долинах;
- звезда - атрибут вдохновения, свободы, возвышения, достижения высокой цели, духовности. Количество звезд в гербе соответствует количеству населенных пунктов, входящих в состав поселения (села Михайловка, Гавриловка, Елшанка, Калиновка и деревня Скрипино).
- изогнутая часть полотнища подобная такой же на флаге Тереньгульского района, символизирует неразрывность связей Михайловского сельского поселения и района. Тем самым создан индивидуальный визуальный образ Михайловского сельского поселения как поселения именно Ульяновской области, поскольку название Михайловское широко распространено в различных регионах России.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Зеленый цвет - символ леса, сельского хозяйства, весны, здоровья и надежды
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
Идея: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Источник - cайт Союза геральдистов России