Флаг Мензелинского района утвержден решением Совета Мензелинского муниципального района №17 от 22 декабря 2006 года, внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3185 и в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под №87. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага Мензелинского муниципального района:
"Флаг представляет собой прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль верхнего края красную полосу в 1/4 полотнища, посередине голубой части изображение жёлтого летящего кречета из герба района».
3.2. Обоснование символики флага Мензелинского муниципального района.
Флаг района разработан с учётом герба, который основан на историческом гербе уездного города Мезелинска, Высочайше утвержденного 3 июля 1782 года (по старому стилю), описание которого гласило: «Въ верхней части щита гербъ Уфимскiй. Въ нижней - летящiй золотой кречетъ, въ знакъ изобилiя таковаго рода птицъ, въ голубомъ поле».
Флаг современного района свидетельствует о преемственности поколений и сохранении исторических традиций.
Почётная фигура флага – красная полоса вдоль верхнего края символизирует лучшие качества местных жителей – трудолюбие, силу, мужество. Она показывает, что всё, чего добились жители района, сделано их руками с особой любовью и уважением.
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности, ясного неба.
Жёлтый цвет (золото) – символ изобилия, стабильности, уважения и интеллекта.
3.3. Авторская группа:
Разработка флага произведена Геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе:
Рамиль Хайрутдинов (Казань), Радик Салихов (Казань), Ильнур Миннуллин (Казань), Константин Мочёнов (Химки), Роберт Маланичев (Москва), Кирилл Переходенко (Конаково), Оксана Афанасьева (Москва).

По материалам сайта "Территориальная геральдика Республики Татарстан"