Мегино-Кангаласский район образован в 1930 году. В 1963-1965 гг. район временно упразднялся. До 2007 года административным центром района было село Майя, ныне — пгт. Нижний Бестях. Официальное наименование муниципального образования согласно Уставу - "Мегино-Кангаласский улус", хотя фактически используется и название "Мегино-Кангаласский район".

Флаг Мегино-Кангаласского района утвержден Решением улусного собрания депутатов № ПУС-25-3 от 28 апреля 2005 года.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования в синем, белом и зеленом цветах.

"Центральная фигура флага – всадник на коне, запечатленном в прыжке вперед и вверх налево. Всадник олицетворяет образ легендарного национального героя Василия Манчары, уроженца Мегино-Кангаласской земли. Внизу под всадником – стилизованное изображение горы с тремя вершинами. Общая композиция герба является художественно-графическим отображением известной среди якутов идиомы "Мэнэлэр хайа урдугэр", что в переводе означает "Мегинцы (мегино-кангалассцы) на горе, на высоте". Автор флага и герба: Константинова Анастасия Михайловна (с. Майя).

Материалы геральдического архива В. Маркова, рисунок - по "ВИКИПЕДИИ - Свободной энциклопедии"