Маслянинский район создан в 1924 году в составе Сибирского края (в 1929-1933 гг. назывался Никоновским районом). С 1937 года - в Новосибирской области. В 2004 году Маслянинский район получил статус муниципального района. В 2024 году областным законом Маслянинский муниципальный район преобразован в Маслянинский муниципальный округ.

Флаг Маслянинского района утвержден Решением пятой сессии Совета депутатов Маслянинского района первого созыва от 16 июня 2005 года №44 "Об официальных символах Маслянинского района". Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1984.

"Флаг Маслянинского района представляет собой прямоугольное полотнище белого и зеленого цветов, диагонально разделенное из левого верхнего угла в правый нижний угол, двумя елеобразными полосами синего и желтого цвета и несущее в верхней, белой части изображения трех положенных диагонально зеленых стеблей льна, имеющих пятилепестковые синие цветы с желтыми сердцевинами.
Отношение ширины флага к его длине 2:3.
Флаг Маслянинского района разработан на основе герба Маслянинского района.
Зеленый цвет – символ надежды, изобилия, возрождения, жизненных сил. Силуэт кроны ели, образованный перевязями, символизирует Маслянинский район, расположенный в предгорьях Салаирского кряжа, как самый лесистый район Новосибирской области, в котором лесное хозяйство и лесопользование является ведущей отраслью экономики района.
Синий цвет – символ благополучия, мира, верности, движения вперед. Во флаге района зигзагообразная перевязь символизирует реку Бердь, протекающую через район.
Желтый цвет – символ радушия, гостеприимства, справедливости, богатства, а также развитой в районе золотодобычи, осуществляющейся в основном по берегам рек и являющейся одним из основных источников богатства и благополучия жителей района.
Цветки льна-долгунца символизируют развитое в районе льноводство, знаменитый маслянинский лен.
Составили флаг – Журавков А. Ю., Пронин О. В., Смирнов В. Н.
Геральдическое описание и обоснование символики – Кошелев А. В.
Изобразил флаг – Журавков А. Ю".

По сообщению В.Попоски со ссылкой на сайт Маслянинского района