Флаг Мариинского района утверждён Решением Мариинского районного Совета народных депутатов от 1 апреля 2009 года №19/2 и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под №4838. Описание флага:

"Прямоугольное голубое полотнище, с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее в середине фигуру из герба района (деревянный цветок), выполненную жёлтыми и оранжевыми цветами".

"Символика
На флаге Мариинского муниципального района изображён "деревянный цветок" - символ резьбы по дереву. Многие дома (их наличники, дверные откосы, перила и ставни) в городе и районе украшены резьбой по дереву, которая является наиболее заметной достопримечательностью и гордостью всех жителей Мариинского муниципального района.
Верхняя составная часть деревянного цветка - безант (золотая монета в Византии) - символ успеха в делах и торговле, символ богатства людей и природы.
Узор на безанте - аллегория солнца - символ тепла, радости, живительных сил, озарения и открытости.
Листья на цветке - аллегория тополиных листьев. Мариинцы считают тополь наиболее привычным для себя деревом. Символика тополя - двуполюсностъ, двойственность. Окраска листьев белого тополя, верхняя и нижняя стороны которых имеют разный цвет (на гербе это отражено светлым и теневым золотом), символична: тёмная - символ Солнца (мужское начало), а светлая - символ Луны (женское начало).
Голубой цвет (лазурь) полотнища символизирует реку Кия, протекающую по территории Мариинского муниципального района.
Жёлтый цвет (золото) - символ сельскохозяйственной направленности Мариинского муниципального района, символ богатого урожая, высшей ценности, величия, великодушия".

По сообщению Н.Рокуша

Решением Совета народных депутатов Мариинского муниципального района от 26 июня 2013 года № 12/2 в решение о гербе и флаге от 1.04.2009 г. внесены некоторые изменения, не затронувшие описания символов.

По сообщению В. маркова