Флаг муниципального образования сельское поселение "Мар-Кюельский наслег" утвержден решением наслежного Совета депутатов № 7 от 07.04.2026 года. В апреле 2026 года флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15515. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Мар-Кюельского наслега в синем, желтом, зеленом, белом и красном цветах".

Материалы геральдического архива В. Маркова