Район образован в 1926 году, центр - пгт. Магдагачи. До весны 2024 года существовало муниципальное образование Магдагачинский район. В 2024 году все сельские поселения Магдагачинского района преобразованы в новое МО - "Магдагачинский муниципальный округ".

Об официальном флаге Магдагачинского района / округа нам пока ничего не известно.

Неофициально используются белые флаги с изображением герба округа.

Фото прислано В. Попоски