Магарамкентский район образован в 1943 году, центр - село Магарамкент. Иногда район также называют "Магарамхюрским" (по лезгинскому звучанию названия - "Мегьарамдхуьруьн район")

В 2019 году в районе был объявлен конкурс по созданию герба и флага муниципального района. 3 декабря 2019 года завершился отборочный тур, затем был проведен финальный тур конкурса.

По материалам cайта Лезгинской культурной автономии.

Флаг МР "Магарамкентский район" утвержден решением Собрания депутатов муниципального района «Магарамкентский район» от 24.03.2020 № 231-VI-сд и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12972.

Описание флага Магарамкентского района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Магарамкентского района, выполненные зеленым, синим, красным, белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага Магарамкентского района.
Флаг Магарамкентского района составлен на основании герба Магарамкентского района и повторяет его символику.
Магарамкентский район, расположенный на юге Республики Дагестан, берет своё название от административного центра – села Магарамкент. Существует две версии основания Магарамкента: согласно первой, село было основано в 1801 году на землях, подаренных за заслуги Шихали-ханом Дербентским полководцу Магараму, чьим именем впоследствии и было названо село. По второй версии, название происходит от имени основателя – выходца из Азербайджана, занимавшегося разведением овец. В результате окончания русской-персидской войны в 1813 году по Гюлюстанскому договору Северный Азербайджан, Дагестан, и в том числе село Магарамкент с окрестными землями, вошли в состав России.
Символика флага Магарамкентского района многозначна:
- корзина, наполненная разнообразными плодами (виноград, персики, яблоки, груши, хурма, инжир, гранат, абрикосы, ягоды), – символ изобилия, богатства, результат созидательного и качественного труда. Корзина с плодами фруктов и ягод отражает основной профиль занятости населения Магарамкентского района, где общая площадь земель сельхозназначения – 46,5 тыс. га, что составляет свыше 70% площади всей территории района;
- зеленое поле символизирует богатую природу Магарамкентского района: вечнозеленые и смешанные леса, поля и луга. Не случайно именно здесь находится Государственный природный заказник федерального значения «Самурский», находящийся в ведении Минприроды России и отнесенный распоряжением Правительства Российской Федерации от 31.12.2008 г. № 2055-р к особо охраняемым природным территориям (9,3 из 11,2 тыс. га общей площади Заказника – на землях Магарамкентского района);
- лиана, вьющаяся вдоль синего нижнего края, символизируют реликтовый лиановый лес, являющийся частью природного заказника «Самурский» и простирающийся на 7 тыс. га в устье реки Самур и вдоль берега Каспийского моря. Самурский реликтовый лиановый лес с его уникальной флорой и фауной – единственный в России субтропический комплекс третичного периода, в котором произрастает 14 видов реликтовых пород и 16 видов растений, занесённых в Красную книгу России, кроме того, это самый северный лиановый лес планеты;
- необычное дополнение зеленого поля красным и синим краями символизирует особенное географическое расположение района: с одной стороны (на юге и юго-востоке) район граничит с Республикой Азербайджан (красный цвет перекликается с цветом пламени из герба Азербайджанской Республики – «Страной Огней»), а с другой (на северо-востоке) омывается водами Каспийского моря, показанного синим цветом.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
синий цвет (лазурь) – символ искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели;
красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, красоты и праздника;
зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, надежды и жизненного роста;
желтый цвет (золото)– символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
идея флага: Фарид Ахмедов, Вячеслав Казиев (оба – с.Магарамкент), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Ольга Френкель (Москва).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым