Флаг Лужниковского сельского поселения внесён в Государственный геральдический регистр под № 3704. Автор: В.И.Лавренов.

... Червлёный мурованный щит и две серебряные волнистые вертикальные полосы - символизируют две реки, протекающие по территории сельского поселения. Мурованный червлёный щит с двумя волнистыми полосами является частью герба М.И. Сердюкова, высочайше ему пожалованный императрицей Елизаветой Петровной в 1745 г., и свидетельствует о том, что строитель вышневолоцкой водной системы похоронен в деревне Градолюбля на территории Лужниковского сельского поселения.

Источник рисунка - "Википедия" (ред. страницы В. Пермяков)

Сельское поселение упразднено в 2019 году при преобразовании Вышневолоцкого муниципального района и городского округа Вышний Волочек в единое МО - "Вышневолоцкий городской округ".