Флаг сельского поселения утверждён Решением Совета Лопуховского сельского поселения от 1 августа 2013 г № 43/93. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12287.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Лопуховского сельского поселения в жёлтом, зелёном, малиновом, красном, синем и белом цветах.

Три креста символизируют число храмов на территории поселения. Лопух - символ названия поселения. Червлень - символ храбрости, мужества и неустрашимости. Лазурь - символ красоты, мягкости и величия. Зелень - символ надежды, радости и изобилия. Пурпур - символ достоинства, силы и могущества. Золото - символ богатства, справедливости, великодушия. Серебром - символ чистоты и невинности.

по информации В. Маркова