В 2020 году с преобразованием Надымского (муниципального) района в муниципальный округ МО поселок Лонгъюган утратило муниципальный статус.

Флаг МО "поселок Лонгъюган" Утвержден решением Собрания депутатов муниципального образования поселок Лонгъюган от 28 февраля 2013 года № 25 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 8354. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее внизу белую полосу шириной 3/20 ширины полотнища и отстоящую от нижнего края на 2/15 ширины полотнища. В середине верхней части полотнища изображен белый олень с поднятой головой (из герба поселка Лонгъюган), в центре белой полосы изображен прямоугольный ромб переменных цветов, со стороной равной 1/4 ширины полотнища".

Обоснование символики флага поселка Лонгъюган.
До прихода первых строителей на месте поселка на берегу реки Лонгъюган располагалось стойбище ханты-оленеводов. Есть две версии названия Лонгъюган "река, где затеряны идолы" и "темная река". А вода в реке Лонгъюган от природы темная.
Поселок Лонгъюган возник в 1972 году в связи со строительством компрессорной станции, обслуживающей газопровод Надым-Пунга-Ивдель. Символика поселка Лонгъюган отражает прошлое и настоящее этого поселения:
- олень - символ характерный для всего Ямало-Ненецкого округа. Фигура оленя с поднятой головой, установленная при въезде в поселок, стала основой флага. Олень - это национальное богатство местных жителей, это и транспортное средство, и продовольственная обеспеченность, и народная медицина;
- белый пояс с ромбом в середине - аллегория трубы с запорным вентилем - символизирует крупное градообразующее предприятие - Лонгъюганское линейное производственное управление магистральных газопроводов ООО "Газпромтрансгаз Югорск".
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
Идея флага: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Материалы cайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Марковым