Символы района утверждены Решением Собрания депутатов МО от 10 марта 2011 года № 131 "Об Утверждении герба и флага МО "Лешуконский муниципальный район" и Положения о гербе и флаге МО "Лешуконский муниципальный район". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6960. Согласно тексту Положения:

"2.2 Описание ФЛАГА:
Рис. 4 «Прямоугольное зеленое полотнище с соотношением сторон 2:3, повторяет сюжет герба МО «Лешуконский муниципальный район», выполненный желтой, красной и черной красками».
2.3 Роспись в виде темно - красных коней всегда являлась Лешуконской местной традицией. Красные кони своеобразный символ Лешуконского района, его марка. Такие кони были присущи в росписях на прялках, туесах и художественных оформлениях деревянных и берестяных изделий.

Источник рисунка - сайт МО "Лешуконский район"; текст - геральдический архив В.Маркова со ссылкой на открытые базы нормативных документов

В 2022 Лешуконский муниципальный район преобразован в Лешуконский муниципальный округ (все сельские поселения в его составе утратили муниципальный статус). При этом район как административно-территориальная единица сохранен.