Ленский район (с центром в селе Лена) Северо-Двинской губернии образован в 1924 году. Уже в 1925 году центр района перенесен в Яренск. С 1929 года район входил в Северо-Двинский округ Северного края, с 1936 - в Северную область. С 1937 года - в Архангельской области. В 1963-1965 гг временно существовал Ленский сельский район. В 2004 году муниципальное образование в границах района стало называться Ленский муниципальный район, в его составе созданы 1 городское и 4 сельских поселения. Областным законом от 25.02.2026 года Ленский муниципальный район был преобразован в Ленский муниципальный округ. При этом городское поселение и сельские поселения в составе района утратили статус муниципальных образований.

Флаг Ленского района утвержден Решением Собрания депутатов МО "Ленский муниципальный район" от 6 мая 2011 года №90:

"Флаг Ленского муниципального района разработан на основе герба Ленского муниципального района и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции.Описание флага Ленского муниципального района: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос - голубой, белой и голубой в соотношении 1:5:1; на верхней голубой и белой полосе вплотную к нижней голубой полосе изображена зеленая ель с сидящими на ветвях двумя желтыми белками".

Обоснование символики флага Ленского муниципального района.
Флаг создан с учетом герба Ленского муниципального района, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и природно-географические особенности Ленского муниципального района.
Символика фигур флага многозначна:
– две белки заимствованы из исторического герба Яренска – районного центра, Высочайше утвержденного 2 октября 1781 года (по старому стилю).
– белки, сидящие на ели, символизируют богатую северную лесную природу, разнообразную флору и фауну. Западная часть района лежит в пределах одного из крупнейших в Европе массивов тайги, не затронутых вмешательством человека.
Голубые полосы отражает важную роль рек в жизни местного населения, по территории района протекает река Яренга и еще целый ряд менее крупных рек.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Желтый цвет (золото) – символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений.
Авторская группа:
- идея флага: рабочая группа по разработке символики Ленского района, Константин Моченов (Химки);
- художник и компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
- обоснование символики: Кирилл Переходенко (г. Конаково).

По материалам сайта Ленского района

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6923.