Флаг района и Положение о флаге муниципального образования Куженерский муниципальный район Республики Марий Эл утверждены Решением Собрания депутатов Куженерского МР от 28 июня 2006 года №194. Согласно тексту Положения о флаге:

Флаг муниципального образования "Куженерский муниципальный район" Республики Марий Эл представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее сокращенную композицию герба района: в красном поле скачущий белый лось с золотыми крыльями, рогами и копытами; оконечность - три белые ели, средняя из которых выше.

Флаг разработан главным герольдмейстером при Президенте Республики Марий Эл И.В.Ефимовым.

По материалам сайта МО "Куженерский муниципальный район"