9 февраля 2001 года депутаты выбрали из множества проектов флага проект, предложенный Д.Ивановым: три горизонтальные полосы зелёная, белая и красная. На верхней полосе силуэты трёх холмов. Проект был отправлен на согласование в Герольдию. Но в итоге флагом города стал другой вариант.

Флаг Кургана утверждён решением Курганской городской Думы от 18 июля 2001 года (№99).
Автор проекта флага - Дмитрий Иванов (г.Екатеринбург).

Ниже приведена цитата из Положения о флаге (статья 2):

2.1. Флаг города Кургана представляет собой прямоугольное полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3, разделенное по горизонтали на две равновеликие полосы (сверху вниз) - изумрудного (зеленого) и белого цветов.
В крыже флага (в верхнем углу полотнища у древка) на изумрудной (зеленой) полосе - курганная эмблема, составленная из двух равновеликих белых холмов, один за другим - правый выходит из-за левого.
Изображение курганов (холмов) стилизовано: каждый из них представляет собой равнобедренный треугольник с основанием в 2/9 длины флага и высотой в 1/6 его ширины. Треугольники разделены изумрудным (зеленым) контуром в 1/60 ширины флага таким образом, что общее основание курганной эмблемы равно 1/3 длины флага.
Условный прямоугольник, в который вписывается курганная эмблема, отстоит от древка на 1/9 длины флага, а от верхней кромки полотнища - на 1/6 его ширины. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

2.2. Символика флага города воспроизводит символику герба города. Изумрудная зелень - исторический территориальный цвет Урала, а вместе с белым - и Сибири, на границе которых находится Курган, традиционно причисляемый как к Южному Зауралью, так и к Западной Сибири.

2.3. Цветное и черно-белое контурное (чертеж) эталонные изображения флага города даны в Приложениях 1 и 2 к настоящему Положению и являются его неотъемлемой частью.

2.4. При вертикальном поднятии (установке, вывешивании) флага города зеленая полоса располагается с правой стороны (при виде от зрителя)".

В тексте использована информация Дмитрия Иванова (C.-Петербург)

Решением Курганской городской Думы от 20 января 2010 года №3 в решение от 18.07.2001г. "О флаге муниципального образования города Кургана" внесены изменения (не касающиеся внешнего вида флага).

Флаг Кургана внесен в Государственнй геральдический регистр РФ под № 849.