Флаг района разработан Д. Ивановым и А. Грефенштейном, утвержден в сентябре 2020 года и утвержден Решением Совета депутатов Курчалоевского муниципального района от 17 сентября 2020 года № 174/54-3. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13103.

"9.1. Флаг района представляет собой зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в центре которого расположена композиция из герба района с заменого геральдического золота - желтым, а геральдического серебра - белым цветом.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Разъяснение символики герба Курчалоевского муниципального района
1. Открытая серебряная книга с червлёным обрезом, окружённая уложенными в кольцо чётками из бусин того же металла на чёрном шнуре: мусульманские чётки (с тридцатью тремя бусинками) и Священный Коран символизируют исламское богословие и указывают на первый на Северном Кавказе Исламский институт, основанный 1980-х в с. Курчалой (ныне г. Курчалой), а также на многие другие факты в историческом прошлом и настоящем Курчалоевской земли, свидетельствующие о ее особом значении в распространении Ислама в Чечне.
2. Подвеска в виде золотой сквозной звезды о восьми прямоугольных лучах – один из мусульманских символов («руб аль-хизб»), изображающийся в виде двух наложенных квадратов, образующих таким образом восьмиконечную звезду.
3. Три чёрных кисти, которыми завершены четки: память о духовных учителях (устазах) чеченского народа:
- Берса-Шейхе – одном из первых проповедников Ислама в Нохчи-Мохке (историческая область Чечни, в которую полностью входит территория современного Курчалоевского района);
- Великом учителе (устазе) Кунта-Хаджи Кишиеве – основателе кавказской ветви братства Кадирийя, его именем также названа Курчалоевская мечеть;
- Ахмате-Хаджи Кадырове – чеченском религиозном и государственном деятеле, муфтии Чечни, первом Президенте Чеченской Республики, Герое России. Для Ахмат-Хаджи Кадырова и членов его семьи Курчалоевский район является родиной. Сам Ахмат-Хаджи Кадыров основал на Курчалоевской земле уже упомянутый выше Исламский институт, первый в Чечне. Погребен он также в Курчалоевской земле, в селе Ахмат-Юрт.
4. Цветовая гамма проекта герба (зеленый, красный, серебро/белый, золото/желтый) – флажные цвета Чеченской Республики.

Источник - сообщение Д. Иванова. Текст документа предоставлен В. Пермяковым.