Флаг муниципального округа Купчино утверждён Решением МС МО "Купчино" № 41 от 15 ноября 2018 года. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 12040.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине - 2:3, воспроизводящее композицию герба МО «Купчино» в синем, зеленом, желтом и белом цветах".

По информации В. Маркова