Местное самоуправление в муниципальном образовании "город Кунгур" с пригородами было организовано в форме "городского округа". Городской округ просуществовал до 2020 года, когда город был объединен с районом в единое муниципальное образование.

По свидетельству С. Филатова в начале 2000-х годов в Кунгуре использовались синие (в администрации) или белые ("уличный" вариант) флаги с гербом в центре.

Информация С. Филатова, г. Пермь

Флаг Кунгура утвержден решением Кунгурской городской Думы от 25 июня 2009 года №289. Согласно тексту Положения о флаге МО "город Кунгур":

"2.1. Описание флага города Кунгура:
"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображением в центре серебряного рога изобилия, наклоненного вниз, с сыплющимися из него золотыми колосьями разного хлеба".
2.2. Обоснование символики флага города Кунгура.
На флаге изображен герб города Кунгура, который разработан на основе исторического герба города Кунгура Пермского наместничества, высочайше утвержденного 17 июля 1783 года (по старому стилю). Подлинное описание герба гласит: "Въ первой части щита гербъ Пермскiй. Во второй части щита, въ голубомъ полъ, рогъ изобилiя съ сыплющимися изъ него колосьями разнаго хлъба, означающiе плодоносiе вокругъ онаго города".
Воспроизведение исторического герба на флаге символизирует бережное отношение жителей города к своей истории, а также непрерывную преемственность многих поколений кунгуряков.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, солнечного тепла, уважения и интеллекта.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений".

Материалы сайта Администрации Губернатора Пермского края

Решением Кунгурской городской Думы от 11 декабря 2009 г. №365 в Положение о флаге МО "город Кунгур" внесены изменения: слова "серебряный" и "золотой" заменены соответственно на "белый" и "жёлтый".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №5703.

Кунгурский район создан в 1924 году. В ходе муниципальной реформы начала 2000-х образован Кунгурский муниципальный район (в состав которого не входил город Кунгур). В составе муниципального района находились сельские поселения: Бырминское, Голдыревское, Ергачинское, Зарубинское, Калининское, Комсомольское, Кыласовское, Ленское, Мазунинское, Моховское, Насадское, Неволинское, Плехановское, Сергинское, Тихановское, Троельжанское, Усть-Туркское, Филипповское, Шадейское.

Флаг Кунгурского муниципального района утвержден решением Земского Собрания Кунгурского муниципального района от 25 декабря 2008 года №1.

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, правый край (у древка) занят золотой вертикальной полосой в 1/8 длины полотнища, воспроизводящей фигуру из гербовой композиции: золотой рог изобилия, наклоненный вниз, из него сыплются золотые колосья разного хлеба".

Материалы сайта Администрации Губернатора Пермского края, рисунок взят с сайта Законодательного собрания Пермского края

По данным В. Маркова, вариант флага, рассматривавшийся в Геральдическом совете, имел золотую вертикальную полосу, отделенную от древка тонкой зеленой полосой.

Решением Земского Собрания Кунгурского муниципального района от 29 июля 2009 года №43 описание флага в тексте Положения было изменено: удалена жёлтая полоса у древка:

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуру гербовой композиции: золотой рог изобилия, наклоненный вниз, из него сыплются золотые колосья разного хлеба".

В такой редакции флаг и и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 5584.

В 2020 году Кунгурский район и город Кунгур были объединены в Кунгурский муниципальный округ. Соответственно все существовавшие в составе района муниципальные образования первого уровня были упразднены.

Герб и флаг муниципального образования Кунгурский муниципальный округ утверждены решением Думы Кунгурского муниципального округа Пермского края №45 от 11.05.2021 года. Как и раньше, в центре флага изображен рог изобилия, но полотнище стало двухцветным, что намекает на зеленый флаг Кунгурского района и синий флаг города Кунгура.

Материалы геральдического архива В. Маркова.

Флаг, утвержденный в мае 2021 года,просуществовал всего полгода. Новый вариант флага утверждён решением Думы Кунгурского муниципального округа Пермского края от 23 декабря 2021 года № 336.

2.1. Описание флага Кунгурского муниципального округа Пермского края:
Полотнище с отношением ширины к длине 2:3 синего цвета, в центре которого помещено выполненное белым и желтым цветами изображение обращенного вниз рога изобилия с выходящими из него колосьями разных злаков. Оборотная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую.
Многоцветный рисунок флага Кунгурского муниципального округа Пермского края помещен в приложении к настоящему Положению.
2.2. Обоснование символики флага Кунгурского муниципального округа Пермского края:
Воспроизведение герба Кунгурского муниципального округа Пермского края на флаге символизирует бережное отношение жителей Кунгурского муниципального округа Пермского края к своей истории, а также непрерывную преемственность поколений.
Синий цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений.
Желтый цвет - символ благополучия, плодородия и достатка территории.
Белый цвет - символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания.

По информации С. Филатова